Stavba kláštera a jeho poškození v třicetileté válce
Kostel sv. Tomáše se nachází na Moravském náměstí v centru města. Jeho počátky spadají do poloviny 14. století. Areál někdejšího augustiniánského kláštera založil v roce 1350 bratr krále Karla IV. markrabě Jan Jindřich Lucemburský a dostavěl jej jeho syn markrabě Jošt, který je společně s otcem pochován v hrobce před hlavním oltářem. Klášter byl zbudován těsně před městskými hradbami, a tak byl za husitského přepadení Brna roku 1428, a dále i během obléhání Brna švédskými vojsky roku 1645 v rámci třicetileté války, značně zdevastován a poškozen. V průběhu třicetileté války dokonce představoval nejslabší článek obranného systému města.
Přestavba kostela podle J. K. Erny
Po konci třicetileté války byla provedena obnova válkou zničeného kláštera a jeho okolního komplexu. V letech 1665 – 1675 byl postaven nový barokní trojlodní kostel sv. Tomáše podle plánu moravského stavitele Jana Křtitele Erny. Z původního inventáře se dochovala pouze kamenná pieta z doby kolem roku 1385, patrně dílo Jindřicha Parléře. V okolí kostela byl vybudován podle plánů Mořice Grimma nový pozdně barokní klášterní komplex. Z konce 17. století pochází také většina vnitřního vybavení kromě hlavního oltáře. Ten vznikl až na počátku 60. let 18 století, kdy pro něj vytvořil obraz Zjevení Krista apoštolům přední rakouský malíř Franz Anton Maulbertsch. Za vlády Josefa II. bylo v areálu ukončeno slavné působení augustiniánů a od roku 1784 se stal kostel zázemím pro nově zřízenou farnost na severním předměstí Brna. Součástí komplexu je i Místodržitelský palác, ve kterém v současnosti sídlí Moravská galerie.
